Die NADA führt bei allen im Deutschen Olympischen Sportbund (DOSB) organisierten Sportfachverbänden sowie über bilaterale Vereinbarungen mit einigen Verbänden/Veranstaltern, die nicht Mitglied im DOSB sind, Dopingkontrollen durch. Im Mittelpunkt des Doping-Kontroll-Systems stehen die intelligente Planung und die Koordinierung von Dopingkontrollen im deutschen Spitzensport sowie die Weiterentwicklung des Doping-Kontroll-Systems in Deutschland. Zum Schutze der sauberen Athletinnen und Athleten werden sowohl außerhalb als auch innerhalb von Wettkämpfen Kontrollen durchgeführt. Trainingskontrollen werden ausschließlich bei Kaderathleten durchgeführt. Wettkampfkontrollen können auch bei anderem Athletinnen und Athleten stattfinden, die an das Anti-Doping-Regelwerk angeschlossen sind. Neben der intelligenten Steuerung und Verteilung der Kontrollen, gehört auch die zielgerichtete Beauftragung unterschiedlicher Analysemethoden zu den Aufgaben des Dopingkontrollsystems. Alle Dopingkontrollen werden nach dem weltweit gültigen Standard für Dopingkontrollen und Ermittlungen durchgeführt. Ein einheitliches Kontrollsystem, standardisierte Abläufe, professionell ausgebildetes Personal und klar formulierte Rechte und Pflichten gewährleisten in Deutschland eine gleichbleibende Qualität der Dopingkontrollen.